Historische Aufzeichnungen verzeichnen in den USA eine Dürre von 1890 is 1896. Dieser Umstand führte zu einem Umdenken, was die Aufgaben des U.S. Geological Survey betraf. So sollte sich das Vermessungsamt mit dem Planen von Stauseen und Bewässerungsprojekten befassen und nicht mehr nur die westlichen Gebiete erforschen. Powell jedoch konnte diese ersten Ambitionen, das U.S. Geological Survey umzugestalten, abwehren.

1892 setzte dann eine Rezession ein, die 1893 zur großen wirtschaftlichen Depression führte, welche bis 1897 anhielt. Die Rezession führte zu diversen Budget-Kürzungen, auch beim U.S. Geological Survey, vor allem bei den Ausgaben für das Gebiet der Paläontologie. Diese seien eine reine Verschwendung von Geld und sollten privat finanziert werden und von Hochschulprofessoren betrieben werden, die umsonst forschten, lauteten die Forderungen. Vor allem Marshs umfassende Monographie über die Odontornithes, die Zahnvögel, gelangte in den missbilligenden Blick der Kongressabgeordneten. Dass Marsh diese selbst finanziert hatte, ging in der Debatte um Budgetkürzungen unter. Sein Renommee hatte während der Zeitungsfehde von 1890 ohnehin mächtig gelitten.

Es wurde also dem U.S Geological Survey die Mittel für die Paläontolgie gestrichen, und Marsh erhielt am 20. Juli 1892 als Information darüber nur ein kurzes Telegramm von Powell mit den Worten:

"Appropriation cut off. Please send your resignation at once."
("Die Bewilligung wird eingestellt. Bitte senden Sie Ihren Rücktritt sofort.")

Damit war Marsh seinen Posten als Wirbelpaläontologe des U.S. Geological Survey los − einschließlich seiner 4000 US-Dollar Jahresgehalt und seines vierundfünfzigköpfigen Paläontologen-Teams.

Zudem blieb von der 1893 einsetzenden wirtschaftlichen Depression auch das einstmals große Peabody-Vermögen, das Marsh immer finanziell unterstützt hatte, nicht verschont, sodass die Unterstützung eingestellt wurde. Um dennoch weiter über die Runden zu kommen, bewarb er sich in Yale um ein Gehalt und verpfändete sein Haus an die Universität. Es blieb ihm kaum noch Geld, neue Fossilien zu erstehen, geschweige denn, diese intensiv zu erforschen.

Die Zeitungsfehde im New York Herald hatte ihm darüberhinaus noch einen Ruf als Plagiator, Scharlatan und Tyrann eingebracht, was seiner Berühmtheit und seinem Selbstbewusstsein mächtig zusetzten.